В конце девяностых годов, во время учебы в Университете Инсбрука, Гордон присутствовал на ранних экспериментах по телепортации, проведенных Институтом экспериментальной физики. С тех пор практическое применение телепортации стало его страстью. В 1999 году Фримен получает докторскую степень в МИТ за тезисы, названные «Наблюдение запутанности Эйнштейна-Подольского-Розена на супраквантовых структурах при индукции через нелинейный трансурановый кристалл импульса сверхдлинных волн (СДВ) от исходного набора с синхронизацией мод» («Observation of Einstein-Podolsky-Rosen Entanglement on Supraquantum Structures by Induction through Nonlinear Transuranic Crystal of Extremely Long Wavelength (ELW) Pulse from Mode-Locked Source Array»).
Разочарованный малой скоростью и низким бюджетом академических исследований и охваченный своей мечтой, Гордон ищет работу в частном секторе. И фортуна улыбнулась ему — его наставник в M.I.T., профессор Айзек Кляйнер, возглавил исследовательский проект на списанной ракетной базе Чёрная меса в Нью-Мексико. Кляйнеру были нужны способные помощники, и выбор пал на Фримена.
Учитывая источники и размеры финансирования, Гордон подозревал, что разработки ведутся в области вооружений, но он также надеялся, что гражданское применение технологиям также будет найдено, а потому — он принял предложение Кляйнера. До инцидента в Чёрной месе Гордон никогда не имел дела с оружием, если не считать пушки, стрелявшей теннисными мячиками, которую он сконструировал в 6 лет.
Пробив свой путь сквозь разломы пространства к финальной аудиенции с человеком, известным как Джи-мен, Фримен согласился работать на него, надеясь помочь человечеству. Прошли годы с тех пор, как кто-либо из его коллег слышал, что-либо о Гордоне. И мир изменился за эти годы.